Nato nel 1951 a Bunnel in Florida, incontra per la prima volta il palcoscenico durante il liceo, quando si trova a prendere parte a The Music Man, una produzione teatrale studentesca. Dopo aver accarezzato l'ipotesi di diventare attore, Jones si iscrive, nel 1970, alla State University of New York, dove ha inizio il suo training di danza. Studia per un breve periodo balletto classico e la tecnica Graham, per poi passare ai corsi di danza sperimentale con Kei Takei, di contact improvvisation con Lois Welk, di Humphrey-Weidman technique, di danza africana e afro-caraibica e di "free-flow" di Hawkins. Nel 1971, nel corso delle lezioni di contact, avviene l'incontro decisivo con il fotografo Arnie Zane, che diventerà suo compagno e collaboratore per diciassette anni. Nel 1973 Jones, insieme a Welk, Zane e Jill Becker, fonda l'American Dance Asylum, un collettivo con sede a Binghamton, per il quale crea (in stretta collaborazione con gli altri artisti), tra il 1974 ed il 1975, Entrance, Could Be Dance, Women in Drought, Across the street Impersonations ed Everybody Works/All Beasts Count.
Coreografo anche per il Daniel Nagrin Dance Theatre, Jones lavora nello stesso periodo ad una trilogia (Monkey Run Road e Blauvel Mountain, 1979, Valley Cottage, 1980) che rafforza la sua collaborazione con Arnie Zane, tanto che, nel 1982, i due fondano la Bill T. Jones/Arnie Zane Dance Company per la quale firmano coreografie quali Freedom of information, Secret as Pastures (1985, con graffiti di Keith Haring), Ritual Ruskus (1985) e ancora Soon (1988, duo destinato alle coppie etero ed omosessuali). I loro lavori, di feroce denuncia nei confronti di ogni discriminazione sia essa razziale che sessuale, lasciano emergere la durezza di una realtà americana fortemente benpensante e gli guadagnano sentimenti molto contrastanti da parte della critica che per loro ha coniato il termine di "victim art".
Nel 1985 Jones scopre di essere seriopositivo e nel 1988 Arnie Zane muore prematuramente di AIDS. Da questo momento, le sue coreografie grondano di sofferenza, mentre aumentano la rabbia ed il senso di alienazione e distanza dalla società, in quanto nero, omosessuale e malato di AIDS. Dopo la morte di Zane, Jones (che ne conserva, a memoria, il nome in ditta) crea D-Man in the Waters (1989), Last Supper at Uncle Tom's Cabin/Promised Land (1990), Last Night On Earth (1992), War between the States e AfterBlack Room Achilles Loved Patroclus (1993). Nel frattempo, firma le coreografie per alcune fra le più note compagnie di danza, tra cui l'Alvin Aley American dance Theater, l'Opera di Berlino, il Balletto di Boston, l'Accademia di Brooklin. Con Love Defined (1992) ha inizio invece la sua collaborazione con il Ballet de l'Opéra de Lyon che lo porterà, nel 1994, ad esserne coreografo stabile, firmando lavori fondamentali per la storia e l'evoluzione artistica della compagnia.
Nel 1995 parallelamente ad un lavoro che lo vede in felice dialogo con l'orizzonte musicale di alcuni fra i più noti jazzisti, primo fra tutti Max Roach, Jones elabora, a partire da un workshop a cui prendono parte alcuni malati terminali, Still/Here, una sensibile riflessione sul rapporto fra vita e morte. Ma intanto la sua visione e la sua riflessione si sono fatte sempre più profonde, e meno colleriche, mentre crea spettacoli per la sua compagnia in continuo dialogo con la memoria: le vecchie coreografie infatti entrano sotto forma di frammenti e rivisitazioni, nelle nuove opere, tra cui si ricordano We Set Out Early... visibility Was Poor (1998), Fantasy in C-Major (2001) e Another evening, in occasione del ventennale della compagnia.
Bill T. Jones è stato definito da The Dance Heritage Coalition «un insostituibile tesoro della danza», attualmente, accanto al suo lavoro di corografo, svolge quello di insegnante di danza alla State University of New York, e nel 1995 ha pubblicato la sua autobiografia, Last Night On Earth.
Nel corso della carriera, ha rivuto prestigiosi riconoscimenti, tra cui il Creative Artists Public Service Award in Choreography (1979), il Choreographic Fellowships per il National Endowment for the Arts (1980, 1981, 1982), il New York Danza e Performance award (1986, a Bill T. Jones e Arnie Zane per la stagione del Joyce Theater), la nomina a "An Irreplaceable Dance Treasure" (2000), ed un "Izzy" (2001, per Fantasy in C-Major).
Con la sua compagnia, forte di un repertorio di circa settanta coreografie, Jones è stato ospite dei maggiori teatri, toccando oltre 30 paesi di tutto il mondo. Mentre il lavoro della compagnia, pluripremiato, è stato oggetto di svariati documentari tra cui Free to Dance: The Presence of African Americans in Dance, vincitore di un Emmy.
